Balkanların ve Orta Avrupanın durumu Churchillin çok canını sıkıyordu. Sovyet yayılmasını önlemek için Stalinle bir anlaşma yapmak üzere Moskovaya gitti ve 9-20 Ekim 1944de Stalinle görüştü.

Balkan memleketlerinin iki devlet arasında nüfuz bölgelerine ayrılışı konusunda bir anlaşmaya varmaya muvaffak oldu. Romanya, Rus, Yunanistan ve İngiliz nüfuzuna terkedildi. Yugoslavya ve Macaristan %50 İngiliz, %50 Rus nüfuzu altında olacaktı. Bulgaristan için bu oranlar, %75 Rus, %25 İngiliz idi. Bu yüzde oranlarının anlamı, kabinelere girecek ve orada temsil edilecek siyasal eğilimlerin oranlarıydı.

Polonya meselesinde uzlaşma olamadı. Konferansa, Londradaki mülteci Polonya Hükümetinin temsilcisi ile, Rusların nüfuzu altında bulunan Lublin Komitesinin temsilcileri de davet edilmişti. Londra Komitesi, Polonya kabinesine bir miktar komünistin alınmasını kabul ettiyse de, Lublin Komitesi bu oranın %50-50 olmasında ısrar edince, bir anlaşmaya varılamadı.

Öte yandan, Moskova Konferansında, Almanya için kurulacak Müttefik Kontrol Komisyonunda Fransaya da yer verilmesi ile, Montreux Sözleşmesinin değiştirilmesi de kabul edildi.